对这个结论，在1999年9月24日至26日，由中国史学会、中国考古学会、中国科技史学会与夏商周断代工程办公室联合召开的“工程”阶段性成果学术报告会的讨论中，部分与会学者又提出了不同的意见。曾长期主持二里头文化遗址发掘，后又主持偃师商城发掘的考古学家赵芝荃明确提出了自己的观点，他说：“《简稿》把郑州商城和偃师商城都作为夏商的分界是不妥当的，不能因为在郑亳说和西亳说两者之间难以做出取舍，就把这两座商城都作为夏商分界的界标。从二里头、郑州商城和偃师商城的出土器物来看，偃师商城应该早于郑州商城，因此，偃师商城才是夏商分界的界标。”这个意见得到了部分与会学者的赞同。
  由赵芝荃等人的意见又引发出与会者两种不同的观点，一种观点认为两座城同时作为界标不大可能，因为这两座城显然不会是同一年兴建的，总会有先有后，在哪个城先建、哪个城后建的问题上，还是尽量说清楚，确定一座城作界标为好。到底选哪一座，这要看它们各自具备的条件而定。另一种观点认为“界标”这个词的概念应该界定一下，如界标的标准和条件是什么？什么样的遗迹或遗存才可以作为界标？这些问题都应该首先说明。因为界标给人的印象就是——这个地方就是一个标尺，定了一个上下限，这个城哪一年建成就应该是商灭夏的年代了。但实际上并不是这样，商灭夏以后并不是马上去建这座城，而且很快就建成了，它有个相当的过程。界标充其量只是说跟商汤灭夏的时间比较近而已。尽管接近，但毕竟还要差几十年。所以简单地用“界标”两个字，容易混淆概念。
  除以上两种观点外，山东考古学家张学海认为，诸如郑州二里岗下层这样的概念，应该看成是考古学文化的界标，而相关历史事件的界标最好是以某一墓葬或其他某一具体的遗迹为界标比较合适。
  对于“界标”这一概念的解释，“工程”首席科学家仇士华认为，《简稿》中之所以这样称，是表示一个时间段。他认为这个时间段是可行的，只是“界标”这个词需要重新斟酌，如果不合适，那就不要再用，以免引起概念上的混淆。会议之后，“工程”专家组根据学者们提出的意见，将“界标”之说弃之不用，并将前面提到的一句话改成“郑州商城和偃师商城是已知最早的商代都邑规模的遗址，其始建年代应最接近夏商更替之年”——经过了这一番车轮大战式的折腾，关于郑州商城和偃师商城的“界标”之争，最后以抹掉“界标”二字划上了句号。呜呼！
  继郑州商城和商城之后，按照考古学文化序列排比，便是小双桥和花园庄等具有典型代表性的遗址。
  据郑州考古工作站发表的简报说，小双桥遗址位于河南省郑州市西北约20公里的石佛乡小双桥村和于庄村之间，坐落在一片比周围略高的平坦台地之上，海拔高度105米左右。北依索须河，遗址北部地势较高，向东、南渐趋低平，为平缓的冲积平原，遗址南部有20世纪70年代修建的引黄入郑渠从西向东穿过。土壤以褐色黏土、潮土为主，附近有索须河等水系。从考古人员掌握的资料看，该遗址东西长500米，南北宽34)0米，面积15万平方米。文化层堆积厚度在0．50—2．0米之间。郑州考古工作站的宋国定等考古人员，于1990年元月开始对遗址进行了全面调查，之后又对重点地区进行了多次钻探和发掘，发现该遗址总面积达144万多平方米，有多处大型夯土建筑基础、祭祀坑和青铜冶铸遗存。
  从整体上看，小双桥遗址延续时间较短，在年代上相当于郑州二里岗上层二期。关于小双桥的性质，学术界主要有两种意见，一种认为是商代中丁所迁的隞都；另一种认为是郑州商城使用期后期商王室的祭祀场所。关于该遗址的文化分期与14C测年见后表。洹北商城的重大发现
  从20世纪50年代末期开始，距安阳市老城北约3．55公里处的洹北花园庄及其相邻的三家庄、董王渡村一带，屡有商代文物出土。历年的发现引起了考古工作者的高度重视。1996年，为配合夏商周断代工程，中国社会科学院考古所安阳队开始着手在洹北花园庄村一带进行钻探，并发现了遗址线索。1997年，征得国家文物局同意，安阳工作队正式对遗址开方发掘，揭露面积136平方米，获得了首批较为丰富且地层关系明确的科研资料。1998年，围绕1997年的发掘地点又进行了大规模的密集布孔钻探。钻探表明，遗址规模不少于150万平方米。其分布范围包括今三家庄、花园庄、董王渡、韩王渡、屈王渡等5个自然村。通过钻探得知，上述几次考古发现，实际是同一遗址不同地点的遗存。钻探还查实，遗址的核心部位分布有大面积夯土建筑，遗址内绝大多数地点的文化层堆积较厚，而且包含的文化遗物十分丰富。这一钻探成果公布后，立即引起了学术界的广泛关注。
  1999年10月至12月，安阳工作队考古队刘忠伏等学者再次在洹河北岸钻探，终于发现了一座规模宏大的商代城址。城址位于著名的殷墟遗址的东北外缘，与1961年国务院划定的殷墟保护范围相毗邻且略有重叠。整座城址深埋于现今地表2．5米以下，平面近方形，方向北偏东13度。从试掘情况看，城墙系夯筑而成，基槽的横截面呈锅底状，宽约10米。经钻探，城址四面城墙的长度都在2000米以上，城的总面积超过400万平方米，远远大于郑州商城。通过对城址进行局部解剖和从出土器物分析，其遗址的主体堆积显然属于中商时期，晚段遗存属于学术界原来所划分的殷墟文化一期偏早，约当盘庚、小辛、小乙时代，早段遗存则略晚于郑州小双桥遗址。
  据文献记载，整个商代自成汤以后的都城迁徙，《竹书纪年》记了5处：嚣、相、庇、奄、殷。《尚书序》记了4处：嚣、相、耿、殷。《世本》记了4处：隞、相、邢、亳。《史记·殷本纪》与《世本》相同。由于商代最后一个都城可以确认至少是武丁以后，郑州商城和偃师商城又同为早商都邑(亳或隞)，故洹北花园庄商城遗址的发掘者认为，若文献不误，中商时期应与河亶甲居相、祖乙居邢(耿或庇)、南庚迁奄或盘庚迁殷相涉。
  对此，遗址发掘者杨锡璋、徐广德、刘忠伏、唐际根等考古学家推断，关于商王祖乙居邢，文献记载与安阳无关。从考古资料尤其是近年的新资料看，祖乙之“邢”应当在今天的邢台西南曹演庄、东先贤一带。南庚迁奄的有关文献也与安阳无干。且南庚徙都可能时间极短，未必能够从考古遗存中辨析出来。因而若论洹北花园庄遗址的性质，要么是“相”要么是盘庚所迁之“殷”要么它只是一处大型中商邑聚。
  据《尚书》、《竹书纪年》等文献记载，商代后期商王盘庚曾迁都至“殷”随着安阳小屯甲骨文被学术界发现并成功释读，特别是王国维发表了两篇著名论文以后，多数学者认为殷墟已经找到。科学发掘小屯遗址的发掘报告公布以后，学术界皆笃信以安阳小屯为中心的面积约24平方公里(后改30平方公里)范围曾是盘庚所迁之“殷”
  然而，随着考古工作的深入，考古人员注意到，数十年来小屯“殷墟”发现的主体遗存均属商王武丁至帝乙、帝辛时期。武丁以前盘庚、小辛、小乙等数王时期的遗存甚少且规模很小，远不能与王都遗存相提并论，因此越来越多的学者开始怀疑小屯殷墟是武丁所迁之都而非盘庚所迁之“殷”
  由于殷墟在中国考古学史上的非凡地位，关于殷墟遗址性质的讨论，并不单纯是商史研究的问题，也是整个考古学界和历史学界所瞩目的大事。洹北花园庄遗址的勘探与发掘，为澄清小屯殷墟究竟是盘庚迁殷还是武丁迁殷的历史之谜提供了一个难得的契机。遗址的发掘者唐际根等根据出土资料，大胆提出了一个假说：“洹北花园庄遗址是盘庚所迁的‘殷’；小屯‘殷墟’虽确为商代后期都城，但实非盘庚、小辛、小乙三王所居，而是武丁以后各王都邑所在。”这一假说解释了为什么小屯殷墟迄今一直未能发现早于武丁的宫殿基址、王陵，以及不出武丁以前甲骨卜辞的疑团。由于洹北花园庄遗址的地理位置也在洹河附近，这一解释同样也可符合《竹书纪年》等文献记载。
  唐际根等人弄出的这个假说，如同羊群里突然窜出一只黑驴，令学界大哗。有的学者拥护，有的表示反对，有的如坠九霄云雾，不知其所然与所以然。但无论如何，有一个不可改变的事实，那就是洹北花园庄商城的发现，是中国近百年来商代考古工作的重大突破。从区域研究的角度看，洹北商城的发现，有助于理解殷墟作为商代最后一处都邑出现于洹河岸边的历史背景和文化背景，以及洹河流域古代聚落的发展演变规律。同时还为完善商代考古学文化的编年框架提供了关键性资料。在过去的考古工作中，虽然有学者意识到以郑州商城和商城为代表的早商文化和以安阳殷墟为代表的晚商文化之间可能还存在时间缺环，但一直没有找到确切的资料予以证明。洹北商城的发现，不仅以确凿证据证实了该缺环的存在，而且提供了能够对该缺环阶段进行考古分期的实物资料和地层依据。