他一向就是个秉公执法的好干部，对于严嵩早就恨之入骨。不过，此时干还是不干？他是有过犹豫的。严嵩毕竟还不是纸老虎。就在四年前，刑科（司法系统监察组）和刑部吴时来等三个小干部，于同日分别上疏，参奏严嵩受贿卖官、破坏边防等恶行，没奈何得了严嵩，反被流放到边远地区。因他们皆是徐阶的门生故旧，所以才不至于掉脑袋。
  此次要是出头倒严，万一没对皇帝的心思（我养的恶犬，我踢一脚可以，但你踢就不行，你踢就是打狗欺主），那也免不了要流放三千里。
  最终，据说邹应龙从梦中得来灵感，说一箭就能射垮严嵩这座大山，于是他连夜疾书奏章，天明就递了上去。
  这份奏疏，比较讲究策略，并没有主攻严嵩，而是重点打他的“七寸”——为虎作伥的严世蕃。
  他说：严家小子凭借父权，擅自卖官，广收贿赂，致使干部选拔法完全败坏，卖官居然公开叫价。因为有一批小人趋炎附势，竟然把价钱给步步抬高！最高法院科长项某人，花了一万三千金转到了组织部任职；举人潘某人，以二千二百金得了个知州。部里和各郡的小官，都动不动行贿以千以万计，公卿大老就更不知道要花多少钱了。平时从中担任买官卖官“经纪人”的，居然不下一百多人。其中，严首辅的孙子、家仆、幕客（帮闲师爷）尤为猖獗。
  以仆人严年为例，士大夫中的无耻者竟称呼他为“鹤山先生”，首辅过生日，他居然能拿出一万金的寿礼。跑腿儿打杂的都富到如此程度，主人又该如何！尤为骇人听闻的，是严世蕃在丧母期间，聚嫖客，抱小姐，“恒舞酣歌，人纪灭绝”。现在天下水旱频仍（天灾连连），南北多警（有鬼子进犯），但严氏父子，只知道日日搜刮，中央地方各种机构，无不将民脂民膏搜罗一空，以填他们俩的欲壑；如此干法，“民安得不贫？国安得不病？天人灾变安得不迭至？”
  英明的皇帝，请您立斩严世蕃的头颅，悬之于市，以作为人臣不忠之戒。要是我上述有一句话失实，甘愿受刑掉脑袋。此外，严嵩溺爱恶子，受贿卖官，也应立刻打发他回老家歇着，还我们一个清廉的政治空气。
  这些话，都是老话，说了十多年了，皇帝充耳不闻。可是这次，见效了。嘉靖阅奏后，“勒嵩致仕，下世蕃等诏狱”。
  ——勒令严嵩退休，严世蕃下天牢待审。姥姥的，你终于翻船了！
  五月十九日，诏旨一下，举国欢腾。
  说来，似我等草民百姓，一生平淡如飘萍，唯有三件事能让我们欣喜若狂：一是连绵多年的战事以我方胜利而告终（譬如“剑外忽传收蓟北”），二是旧朝崩溃、新朝崛起（譬如“满城尽戴黄金甲”），三是奸臣垮台、万象更新（譬如“大快人心事，揪出四人帮”）。
  余生也晚，只赶上了最后一件。那种解脱感确实无以言表。
  罢官一个月后，83岁的老严嵩蹒跚离京，回老家袁州去了。浮华一梦，尽皆成空。这回乡的路，不大好走啊！
  严世蕃被判流放雷州卫，那地方离天涯海角也不远了。其余孙子辈、以及邹应龙折子上点到的恶仆帮闲，系狱的系狱，充军的充军。就连那两个买官的小子也没跑得了，一个死在狱中，一个充军边远卫所。
  徐阶顺理成章执政，内阁基本是他说了算。他坐进了原来严嵩的值班室，贴出标语：“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍（用谁不用谁）刑罚还公论”，显示出新气象来。
  当然，他还在思考，严嵩这百足之虫，还没有僵，还要设法再给他来个致命一击。对付恶人，就不能讲妇人之仁。
  张居正过去曾经对徐阶的忍让颇为不满，在回乡前的告别信中，甚至有所暗讽。但是徐不为所动，坚持乌龟战略，终于看到了对手败亡。张居正现在当然很服气了，更加留意徐阶的处事之道。徐阶对张的器重，是始终如一的。他有意保护张居正不卷入任何政争，只留在幕后。冲冲杀杀的事情，决不让他干。
  张居正自然明白老师的苦心，也决心有朝一日大干一场。
  “狂歌袅袅天风发，未论当年赤壁舟。”
  这诗，写于严嵩垮台的当年秋，也还算是有些鸿鹄之志吧。
  朝局一步步地在好转。徐阶不愧是一代名相，他当政之后，平反了一些冤案，嘉靖一朝原先的戾气有所缓和，锦衣卫不再频频出动，人们为了国事也敢于讲话了。对付嘉靖，他也有办法加以疏导。皇帝的乖僻性格，慢慢有所改变，对徐阶竟然“谆恳如家人”。
  另一边，此时的严嵩，在家里还做着东山再起的好梦，不时的给皇帝送去点儿秘方。皇帝毕竟念及他几十年的苦劳，时时流露有所不忍。严嵩便向皇帝近侍行贿几千万金，令他们揭发那个蓝道行的非法活动。结果蓝道行被下狱，死在狱中。垮了台的严嵩，居然顺利报了这一箭之仇。
  严世蕃也没有去卫所报到，而是在半路潜回了老家。他不思悔过，反而收留亡命徒，抢女人、劫商旅，横行不法。又召集了工匠几千人大造府第。
  此事被南京巡江御史得知，就上疏称：严世蕃收留江洋群盗，日夜诽谤时政，蛊惑人心。又以建屋为名，召集勇士四千名。市面上人心惶惶，都说要出大乱子，形势难以预料。
  嘉靖看到折子里说严世蕃居然要谋反，不禁震怒，立刻下令第二次逮捕严世蕃，解到京城问罪。
  其实，谋反是不大可能的，工匠也不是什么勇士。但是，不用这阴损一招，又怎能斩草除根？诸臣把严嵩的那一套，也学的差不多了。
  严世蕃却不怕，在监狱里放了话出来：“任他燎原火，自有倒海水！”
  他凭的什么呢？
  在这最后的格斗中，已是严世蕃在与徐阶较量。那老严嵩害人的本领，也不过是倚仗皇帝恩宠，暗地里做手脚杀人。一旦摆出堂堂之阵，倒也看不出有什么作为。
  严嵩下野、严世蕃逃回原籍后，严家最忌惮的，是徐阶。那徐阶知道事情尚未完成，照旧示之以弱。严嵩派亲随去徐府打探，徐阶只说：“没有严公，哪里有我今日。忘恩负义的事情，我做不来。”并且连连致信问候，一如往昔。这伎俩瞒不仅过了严嵩，连聪明绝顶的小严也着了道，松口气道：“徐公不我毒。”——老徐不会害我们。从此在家招兵买马，肆无忌惮。
  老徐大概只在心里笑吧：不如此，你们怎会在临死前猖狂一跳？我又怎能抓住把柄“害”得了你？
  待小严进了诏狱，知道是上了徐阶纵虎归山的当，但他自有主意。在监狱中接见严氏旧党，密嘱：“贪污一事，死不了人，你们放心好了。聚众造反，查无实据；你们可以当众吹风，让法官在定案奏稿上删去谋反一节。告诉他们，杨继盛、沈炼案则是关键，不列入罪状，岂能扳倒严氏？”喽罗不解，小严笑道：“杨、沈两案，毕竟是皇上主裁，要翻案，那就是揭了皇上的面皮，触怒天颜。我等自然可以解脱。”喽罗恍然大悟。
  一提起要为杨、沈翻案，京中群情振奋。刑部尚书黄光升等“三法司”（即：刑部——最高法院；都察院——中央监察部；大理寺——复审法院）首长果然中计。将杨、沈两案写入罪状，拟成奏稿，准备要搞死严世蕃。
  为此，他们三人前去向徐阁老讨教。徐阶只讨过草稿来看，看罢一笑：“法家断案，谅无错误。请你们进内厅里面来谈。”
  进得内室，屏退左右，关好了房门，徐阶问：“你们的意思，是想救严公子活命吗？”
  三人争相答道：“小严一死都抵不了罪，岂能让他活？”
  徐阶道：”既然想要小严的命，那么为何要牵入杨、沈两案？”
  大理寺卿道：“用杨、沈事，正是要他抵死！”
  徐阶笑道：“杀杨、杀沈，都是严嵩巧妙利用皇上的旨意。可是皇上英明，能承认自己不对么？你们这奏章一上，皇上必然疑心是法司借本案张扬他的过错，要发脾气。你们这几位，恐怕就有不测，反是那严公子没事，骑驴款款出都门去了！”（《明史-严嵩传》）
  三法司首长这才如梦方醒，连忙请徐阁老指示。徐阶便拿出自己写的草稿，让三人看了。三人不由得叫好。当即让严府的文书誊清，三人盖了大印，封好送上去了。
  徐阶的这个稿子，只字未提杨、沈冤案，重点有三个，一是说严嵩的亲信罗龙文与著名的倭寇头头汪直“交通”；二是说严嵩听信江湖术士的话，以南昌有王气，于是造起豪宅，规模不亚于皇宫；三是说他勾结“宗人”（旁系皇族），窥伺“非常”机会，聚集亡命徒，“北通胡虏，南结倭寇，诱致外兵，共相响应”。
  这次嘉靖感到十分震惊，令再次核实。
  皇帝不愿意被蒙，也很难相信严阁老会堕落至此地步。
  徐阶揣着圣旨出了长安门，叫了三法司的首长到自己家，再写奏本，曰：“事已勘实，其交通倭寇，潜谋叛逆，具有显证，请亟正典刑，以泄人神之愤！”（《明史纪事本末》）
  密室定案书，就这样出笼了。可怜权奸严嵩做梦也想不到自己会“交通”日本。
  徐公的这次谋划，连同书吏在内，天地间只有五个人知道，断无任何泄露的可能。中国的政治，多出于密室，就是类似于此。严世蕃在监狱中哪里能知道其中内幕，只听说是黄光升等拟的奏疏已将杨、沈案列入，不由大喜。