故事发生在隋朝年间。北朝隋文帝，在消灭了南朝陈国后，结束了中国长期之分裂南北朝时期。陈国遗民不甘国家就此灭亡，于公元六○一年，集结了大队兵马，起兵造反，意图复国。隋文帝随即下令平定叛乱，然而让陈国反抗军惊异不已的是：隋朝的平乱部队是由不到二十人组成的，为首的竟然是一位年仅十岁的少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一把神秘的“黄金之剑”，顷刻之间就将数万陈国反抗军马消灭殆尽。神秘少年以天下无敌之黄金剑（轩辕剑）立下威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。多年以后，陈靖仇奉师父之命，踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上。由于多年前历经那场惊心动魄的战争，师父深知自己绝对无法胜过手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下之的五样上古神器──伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国，《天之痕》的故事就此开始。